El Aeropuerto de Puerto Peñasco ha pasado por varias etapas de crecimiento. El primer Aeródromo fue fundado durante 1950 cuando ¨Mexicana de Aviacion¨ inauguró su ruta México-Mexicali, con escala en Puerto Peñasco. El aeródromo consistía de una oficina con un operador de telégrafo que proveía información sobre las condiciones de la ruta. El segundo Aeródromo fué construído en 1973, con la pista junto a un pequeño edificio terminal. En Agosto 5, 1994, fué declarado “Puerto de Entrada Internacional” por el entonces presidente de México, Carlos Salinas de Gortari. Esto beneficiaba a los pilotos que aterrizaban en Puerto Peñasco, ya que podían aterrizar directamente en Puerto Peñasco sin tener que parar en Mexicali o Nogales, para registrar su entrada al país con las autoridades de Migración y Aduana.
En Septiembre 28, 2005 una nueva fase comenzó en el desarrollo del Aeródromo Internacional de Puerto Peñasco, ya que con el apoyo financiero del Grupo Mayan Resorts, se hizo una gran inversión al repavimentar la pista y plataforma, la modernización del edificio terminal y el estacionamiento vehicular, la construcción de la estación del Servicio de Salvamento y Extinción de Incendios, el cercado perimetral y la señalización vertical y horinzontal, junto a otros mejoramientos. Con estos cambios, se aumentó la seguridad en las operaciones del aeródromo, acorde a las recomendaciones internacionales de seguridad y construcción de aeropuertos. Lo anterior, se realizó en tanto se construía el nuevo Aeropuerto del Mar de Cortés, con capacidad de atender aeronaves comerciales del tipo Boeing 757 o similares, el cual se desarrolló mediante una alianza entre el Gobierno del Estado de Sonora y Grupo Mayan Resorts.
En Noviembre 5, 2009 el Aeropuerto Internacional Mar de Cortes fue inaugurado por el Presidente Felipe Calderón, este nuevo y moderno aeropuerto está completamente equipado, para brindarles una estancia placentera y rápida en caso de que venga de visita o solamente de paso.
